Скорее всего дело не в нечистоте, а по обычаю, который сохранился еще с Ветхого Завета , женщина приносила ребенка на 40-й день в храм. Тогда не было средств гигиены, которыми может пользоваться современная женщина, чтобы пролить кровь в храме, а та женщина вынуждена была ждать своего "очищения".
Я если честно, не задумывалась а вот почему, просто выполняла то, что известно всем про критические дни. А тут решила почитать, так вот по поводу женской нечистоты прочитала несколько мыслей св. отцов. Одни считают, что то что "Не следует запрещать женщине во время месячных входить в церковь, ибо нельзя ей ставить в вину то, что дано от природы, и от чего женщина страдает помимо своей воли. А другие: "Не думаю, чтобы они [то есть женщины в определенные дни], если они верные и благочестивые, находясь в таком состоянии, дерзнули или приступить к Святой Трапезе, или коснуться Тела и Крови Христовых. Но приступать к тому, что есть Святая Святых, да запретится не совсем чистому душою и телом.
Получается, что разногласия есть в самой церкви. Но, последнее, запрещающее высказывание включенны в Книгу Правил Православной Церкви. Еще один священник пишет: Господь даровал женщине удивительный дар - дар смирения, в этом состоит ее глубокое отличие от мужчины. Именно для укрепления смирения в Церкви есть такое установление. Я бы не рискнула преступить уже существующие правила, а вы решайте сами.