Гнили нет,оно сухое. А чем зачистить?
Ножом, лезвием... Желательно протереть нож спиртом.
На счет сухих пятен, возьмите маркер, который не смывается водой и аккуратно обведите пятно по контуру. Наблюдайте, если оно будет дальше расти, придется обрабатывать или вырезать или и то и другое. Такие пятна на шейке и в пазухах листьев очень опасны, если пойдут внутрь, очень тяжело спасти растение.