Я в 1999 году заканчивала. Магистры учились с нами на 5 курсе. У них просто пары дополнительные были. Но не 6 курс.
До реформы был такой вариант -
вместо 5 курса магистратуру закончить, там, действительно, магистранты половину пар с 5 сидели, вот только такая учеба совсем невыгодна была - терялась специализация, на которую учился все 5 лет, оставалась только специальность.