Честно, для меня как для украинского филолога такие изменения - это какое-то издевательство над ребенком. 
Я своего ребенка записывала по украинскому правопису, хотя сами работники мне предлагали еще и другой вариант, мотив - родители так часто просят записать своего ребенка. Еще и говорили - подумайте. я тогда еще и правопис у них попросила, и знакомим звонила, думаю - мало ли, может я где-то что-то подзабыла. Так что в свидетельстве о рождении - как попросят так и запишут.
А вот перевод имени в загранпаспорте - уже проблема органов, которые их выдают. они обязаны сделать правильный перевод имени и фамилии ребенка. Там в принципе стоит программа, которая и сама все переводит.