Яблоки и черная смородина- лидеры по процентному содержанию пектиновых веществ в составе. Причем черная смородина не сильно уступает яблокам. Во все остальные пюре (ягодные, фруктовые) , действительно советуют дополнительно вводить яблочное пюре, смородиновое- прекрасно обходится без него.
Не думаю, что тут дело в нехватке пектина, особенно если пюре хорошо уварено , может влажность высокая, может агар-агар не справился.