И это причина, по которой не стоит туда ходить?
Если честно, мне, как обывателю, абсолютно все равно к какому патриархату принадлежит церковь. Разве люди в патриархат ходят, по-моему, идут туда, где комфортно душе, и где священник, которому можно рассказать то, о чем не скажешь другим. Я, например, такого места пока не нашла, вот и хочу сходить в эту церковь, много хорошего слышала.
и мне абсолютно все равно, к какому патриархату принадлежит Церковь, если это каноническая Церковь.
Не хочу никого обижать, так как большинство тут посещают храмы именно Московского патриархата, но так уж пришлось, что по работе довелось побывать в очень многих церквях не только в Чернигове, но и по всей области, и то, что довелось увидеть и услышать как-то не очень способствует их дальнейшему посещению. И патриотизм тут вовсе не при чем. Как уже писала, патриархат для меня не имеет ни малейшего значения. Например, у меня на родине еще со времен СССР была только одна церковь, все верующие ходили туда, а потом уже в 2000-х ее причислили к Киевскому патриархату, ну и что от этого изменилось - церковь другой стала или священник вмиг стал не таким? Открыли другую церковь - Московского патриархата, но люди все равно ходят туда, куда привыкли. И что в этом плохого? 
в Украине нет никакого Московского Патриархата. мы посещаем храмы Украинской Православной Церкви. а члены раскольничьей организации для того, чтобы отличаться, добавили приписку Киевский Патриархат.
от того, что врачи плохие, вы ведь не перестанете ходить в больницу? или в случае необходимости операции не откажетесь ведь от нее? или, например, таксист вам попадется плохой. вы ведь не станете ходить пешком? Церковь свята, потому что свят Ее Глава - Христос (надеюсь, с этим спорить не будете?).
в описываемой вами ситуации плохо то, что здание оказалось важнее Бога