На сколько я знаю, прививочная карта находится в детской п-ке до тех пор, пока ребёнок не идёт в садик. Если вы идёте в сад в 2 года, то она передаётся в сад, тоже самое происходит, если он идёт в сад в 3 или 5 лет - карта передаётся в сад. Если деть вообще не ходил в сад - передаётся в школу. Никто не имеет права не выдать вам прививочную карту при вашем желании пойти в сад. Если же такое имеет место, то декрет мамы тут не при чём, ровно как и состояние здоровья ребёнка. Тут "всплывают"другие причины, в основном связанные с переполненностью садов, но ни коим образом не отражённые в законодательных документах.
Так что если вам отказали - будьте уверены, что беспочвенно.