Пересдайте анализ в первую очередь. Если подтвердится, придётся соотносить риск-польза. И дело не в том, что антибиотики убивают иммунитет (это миф), а в том, как они влияют на плод, а первый триместр беременности - самый опасный. Антибиотик (если он нужен) должен подбираться такой, который можно применять при беременности и не иметь тератогенного действия (читайте инструкцию).
В другую очередь - нужно знать и понимать - какую опасность для плода несет болячка, и какие существуют риски, если вы её не будете лечить. И уже исходя из этого выбирать - или пить антибиотик или не пить - т.е., что нанесёт больший вред - антибиотик или нелеченная инфекция.